SMAN 88 Jakarta secara rutin melaksanakan proses mutasi bagi siswa yang ingin pindah ke sekolah ini pada setiap semester. Untuk Semester Genap Tahun Ajaran 2024/2025, pengumuman terkait mutasi telah dipublikasikan pada 6 Januari 2025.

Setelah proses seleksi dan pengumuman hasil mutasi, biasanya sekolah mengadakan pengarahan bagi siswa-siswi yang diterima melalui jalur mutasi. Pengarahan ini bertujuan untuk memperkenalkan lingkungan sekolah, tata tertib, serta sistem pembelajaran yang diterapkan di SMAN 88 Jakarta.